Как в 1С 3.0 провести документы для учета расходов на услуги транспортной компании?

Добрый день! ООО на ОСНО. Бухгалтерия предприятия (базовая), редакция 3.0 (3.0.127.49)

СДЕК присылает закрывающие документы 1 раз в месяц (во вложении)
Покупатель за товар оплачивает по предоплате нам на расчетный счет.
В приложении 1 шесть отправок ( 6 сделок). Кто то оплачивает за доставку при получении наличными СДЕКу (столбец 10), а кто то оплачивает нам (включаем в счет) (Столбец 10 - пустые).
Далее, по итогам месяца, сдек направляет нам пакет документов (во вложении), включая счет. Сумма счета и закрывающих документов разная! т.к. по акту зачета взаимных требований часть долга списывается.
Подскажите, пожалуйста, как провести данные документы в 1С?
1. Проводки с покупателем:
Выставлен счет (с доставкой или без) -
Поступление оплаты от покупателя -
Реализация Товары и услуги (УПД): Товар (1) Услуги (1) при включении доставки в счет; Способ доставки: Доставка до ПВЗ СДЕК с видом договора "С поставщиком"; 
2. В начале следующего месяца мы оплачиваем СДЕКу счет (напоминаю, что Сумма счета и закрывающих документов разная!). 

Как далее проводить документы? Ведь мы по факту оплатили меньше (1155,88), чем указано в Акте оказания услуг и счет-фактуре (4405.88)!